Důvody k vyhlášení CHKO

Změna hospodaření
Až do konce 19. století, kdy byla definitivně zakázána pastva dobytka v Lanžhotských lesích, pracovali v místních lesích především ti, co z něj měli přímý užitek. V luhu se pásl dobytek, polařilo se, sekalo se dříví na otop i stavbu domu. Všechny tyto činnosti nepřímo vytvářeli prostředí, které prospívalo širokému spektru rostlinných i živočišných druhů.
Od počátku 20. stol. se situace zásadně změnila. Díky omezení pastvy docházelo k postupnému zapojování lesa. S intenzifikací lesnictví na počátku 20. století, se zvyšoval důraz na kvalitu a produkci dřeva. Dováželo se osivo dubu i nepůvodních dřevin ořešáku černého, dubu červeného. Struktura lesa se měnila z řídkého porostu, se zastoupení různě tvarovaných a starých stromů ve stejnověký, pravidelně kácený les.

Mizení druhů
Se změnou hospodaření a tvaru lesa se začal projevovat úbytek druhů vázaných na tradiční biotopy. Vymizely druhy denních motýlů, v současnosti nejdiskutovanějším druhem je jasoň dymnivkový, kriticky ohrožený druh. U mnohých dalších, jako je pestrobarvec petrklíčový, došlo k omezení jejich počtu. Vlivem úpravy půdy před zalesněním pomocí štěpkovacích fréz mizí z oblasti Soutoku také rostlinné druhy, především ty se zásobními orgány v podobě hlíz a cibulí, dymnivky, sněženky, ladoňky ale i bledule letní, která je druhem naturovým, jejichž zásobní orgány jsou mechanickou přípravou půdy narušeny.

Co by se mělo změnit
Krajina luhu v okolí soutoku Moravy a Dyje je celoevropsky ceněnou ne pro její vysokou hospodářskou výnosnost, ale pro její biologickou kvalitu. Tu nelze na rozdíl od opakovaného zalesnění cyklicky obnovovat, ale narušení její rovnováhy může být nevratné. 
Přijetím Natury 2000 jsme se jako stát oficiálně zavázali dostát závazků z ní vyplývající. V některých případech tak může docházet ke kolizím ochrany přírody a krajiny s dosavadním hospodařením. Soutok je v tomto případě ukázkovou lokalitou. Lidé v této krajině působili od nepaměti, ovlivňovali ji vzhledem ke svým potřebám a prioritním zájmům. Současným celoevropským zájmem je ochrana přírody a krajiny. Stát jako vlastník zdejších lesů a přední reprezentant České republiky by v tomto případě měl zaujmout pevné stanovisko k této lokalitě a na základě něho s lokalitou zacházet. Měli bychom se rozhodnout zdali tato lokalita bude primárně lesem hospodářským s případným akceptováním současných zásahů, a nebo si naopak otevřeně přiznáme rizika, ke kterým může dosavadní nejen lesní hospodaření vést.